鳄鱼是高等的爬行动物，它用肺呼吸，心脏分为四个室，它的口腔顶壁上有一块骨质的腭，把鼻腔和口腔隔开，牙齿只生在上下颌的齿槽内；鳄鱼的两只眼睛长在头部的上端，它除了眼睑以外，还有透明的瞬膜，这种结构使它能适应水中的环境。
由于鳄鱼的鼻孔位于上端的背面，里面有瓣膜，所以在它潜入水中时，瓣膜自动关闭，可以防止水流入鼻孔内，在它的咽部，还有一个薄而富有弹性的膜，当这块膜一关闭，那么其口腔和呼吸道便隔开，因此，它在水中即使张大了嘴，水也不会进入呼吸道及肺部。它那长而粗的尾巴，既是游泳时的舵、又是捕食的工具和御敌的武器。