杭州南站和杭州东站的主要区别是：车站地址不同、车站规模不同、主要线路不同。
1、车站地址不同
杭州南站的车站地址位于浙江省杭州市萧山区站前路1号；而杭州东站的车站地址位于浙江省杭州市江干区全福桥路2号。
2、车站规模不同
建筑面积为22.8万平方米，站台规模：7台21线；而杭州东站的建筑面积为34万平方米，站台规模：15台30线。
3、主要线路不同
杭州东站的主要线路为：沪昆铁路、宣杭铁路、萧甬铁路、沪昆高速铁路、宁杭高速铁路、杭甬高速铁路、杭黄高速铁路；而杭州南站的主要线路为：沪昆铁路、萧甬铁路、杭甬高速铁路、沪昆高速铁路、杭黄高速铁路等。