在清洗海肠前先要用剪刀剪掉海肠两头带刺的部分，然后用指甲掐紧一头，把里边的内脏和体液捋出来，冲洗干净。处理掉内脏的海肠一一剪开，再倒入适量的食用醋，洒上细的精盐。开始用力的用手搓洗和搅拌，目的是洗掉海肠的杂质和黏液。
把全部的每一根的海肠都处理一遍，一面处理一面冲水，处理好了，用清水再清洗几次。清洗海肠的水里上面会浮出很多粘液和血泡沫，直至海肠的手感摸起来和看起来都是干净的，并且清洗过海肠的水是透明的，以上才代表海肠暂且洗干净了。清洗干净的海肠应立马用滚水焯一下，不然很快就会有新的粘液产生，焯过水的海肠沥干水分后即可用于烹饪。