哈尔滨工程大学最好的专业有：一级学科国家重点学科船舶与海洋工程、控制科学与工程与二级学科国家重点学科船舶与海洋结构物设计制造、水声工程、轮机工程导航、制导与控制。
1、船舶与海洋工程专业：是一门研究船舶轮机的工作原理的学科。主要学习船舶的构造、航行原理、安全性设计及建造法规和国内外重要船级社的规范等知识，研究船舶的设计方法及如何保证航行的快速性、良好的操纵性和抗风浪能力等问题。
2、控制科学与工程：控制科学与工程是研究控制的理论、方法、技术及其工程应用的学科，即为了实现控制目标，应如何建立系统的模型，分析其内部与环境信息，采取何种控制与决策行为。而与各应用领域的密切结合，又形成了控制工程丰富多样的内容。