根特点：牡丹根系发达，具有多数深根形的肉质主根和侧根。初生根始为白色，渐变为黄色至褐色，肉质白色，个别红色，肉质中心木质化，俗称木心。肉质部储有大量养份和水份供植株生长，一般来说，根深的植株枝叶茂盛，植株较高，根浅则枝短株型矮。
枝特点：因当年生效枝上节间长短不同，着生芽数及新枝萌发力强弱也不同，分枝的习性也有明显差异但分枝上有单枝型和稠枝型。
叶特点：牡丹叶互生，由叶片、叶柄组成。叶形、大小、色泽、质地等因品种而异可分为：大形圆叶型、大形长叶型、小叶圆叶型、中形叶型。
花特点：花大色艳，品种繁多。有的品种花器齐全，萼片、雄蕊、雌蕊发育正常，有的品种雄、雌蕊瓣化或退化，形成了多姿形美的花型，五彩缤纷的花朵。根据花瓣层次的多少，传统上将花分为：单瓣类、重瓣类、千瓣类。在这三大类中，又视花朵的形态特征分为：葵花型、荷花型、玫瑰花型、半球型、皇冠型、绣球型六种花型。