1、以微生物作为目标反应的实现者，反应过程中既涉及特异的化学反应的实现又涉及生命个体的生长发育及代谢，生物反应机理非常复杂，较难控制，反应液中杂质也多，不容易提取和分离；
2、反应通常在需温常压下进行，条件温和、能耗小、设备较简单；
3、原材料来源丰富、价格低廉，过程中废物的危害性较小，但原科成分往往难以控制，给产品质量管理带来一定影响；
4、由于活的生命体参加反应，受微生物代谢特征的限制，不能时高渗透压，高浓度底物或产物易导致酶活下降，反应液中底物浓度不应过高，产物浓度不应过高，导致生产能力下降，设备体积庞大；
5、微生物参与制药反应能够高度选择地进行复杂化合物在特定部位进行氧化、还原、脱氢、脱氨及引入或去除等反应，易产生复杂的高分子化合物。