在《口袋妖怪珍珠》中各神兽在地图中的分布情况如下：
1、神兽第三只圣菇将随机出现在全世界地图上，且进入战斗即会逃跑，无论是否遭遇过都不会显示在普通地图上，需要运用口袋手表的地图追踪功能进行追踪，为50级的超能系神兽；
2、神兽火钢兽的抓捕地要到达227号道路，上山见到一位红发女孩，带她一起进入上方洞口，她将哈德山脉之石拿走，此时返回226水路左侧的遗迹区，与红发男对话后离开，再次进入哈德山内洞穴深处，即可遇到神兽火钢兽，为70级的火钢系神兽；
3、神兽圣柱王的抓捕地在第七道馆中上方的房屋，在最深处见到圣柱王，将GBA版本的岩、钢、冰三圣柱传输到DS版中后，携带这三只进入战斗，即可捕获神兽圣柱王，为70级的普通系神兽；
4、神兽鬼龙的抓捕地在四天王前在湖泊上方的洞穴，进入岩石迷宫，用碎石可破坏岩石，在迷宫尽头遇到神兽鬼龙，为70级鬼龙系神兽。