牛奶蛋白对宝宝来说是一种异种蛋白。牛奶蛋白中某些成分，如β-乳球蛋白有很强的致敏性，会导致宝宝发生过敏。因此水解蛋白的目的就是把这些大分子的乳蛋白变小，从而去除牛奶蛋白的过敏成分，使改良后的牛奶蛋白致敏性降低，由此经过水解得到的蛋白就是水解蛋白。
根据水解程度的不同，可以将水解蛋白配方分为适度水解配方奶粉（pHF）和深度水解配方奶粉（eHF）。令人想不到的是，水解蛋白配方的过敏预防效果与水解程度及蛋白来源无关。并非蛋白水解程度越高，致敏性就越低。科学权威机构指出，适度水解蛋白配方奶粉，更适合预防宝宝的过敏。