每种微生物都有各自的最适环境，在最适环境中该种微生物的数量最多。
陆生生境的微生物。陆生生境的主要载体是土壤，土壤具备了各种微生物生长发育所需要的营养、水分、空气、酸碱度、渗透压和温度等条件，每克表层土壤的微生物数大约107至109个。水生生境的微生物。水体中微生物的数量和分布主要受到营养水平、温度、光照、溶解氧、盐分等因素的影响。大气生境的微生物。空气中的微生物的分布、数量随季节、高度、地区、人口居住密度、风速等有明显差异。极端环境下的微生物。凡依赖于极端环境才能正常生长繁殖的微生物，称为极端微生物或嗜极菌。