灵魂存在于宗教思想中，它指人类超自然及非物质的组成部份，而科学否认灵魂是真实存在的。
宗教都认为灵魂居于人或其他物质躯体之内并对之起主宰作用，大多数信仰都认为亦可脱离这些躯体而独立存在，不同的宗教和民族对灵魂有不同的解释。迄今为止，从未发现过客观存在的任何一种被声称的超自然力现象。古人说的灵魂，有时指的是我们今天说的意识、精神、心理活动，那是大脑生理活动的结果，是物理、化学反应的产物，并不能脱离大脑而存在。人一死，大脑活动终止，意识丧失，所谓的灵魂也就跟着消失。这是灵魂不存在的科学依据。
多数科学家现在的看法是，灵魂只是大脑的一种综合功能。灵魂是存在的，但只存在于有生命的活体中，主要是大脑。但他们都认定的一点是当生命停止后灵魂也消失了，因为神经的活动和新陈代谢如同其他组织器官的活动一样也都停止了。