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鳄鱼龟是肉食性的龟，幼龟时期会吃植物，成熟后就开始吃鱼。除鱼之外，还会捕食无脊椎动物以及两栖动物，甚至会吃腐肉。若是人工饲养，对食物的选择性就更广泛，可以投喂牛肉、猪肉和鸡肉等，通常三到五天喂一次，每次喂食是其重量的5-10%左右。
