乳酸菌在水产养殖中能抑制弧菌，目前在水产上对乳酸菌的报道主要集中于乳酸菌在水产动物肠胃和其他内脏器官中的栖息情况。乳酸菌在水产养殖上的应用较多，主要是拌入饲料一起投喂给水生物动物，或做为EM菌的主导菌在水体泼洒。
养殖水体投放乳酸菌可以改良养殖水体环境，抑制水体中有害菌的繁殖生长，调节藻相平衡，控制有害菌藻。乳酸菌是被人类作为食品微生物利用的一大类菌，尤其在增强牛奶保健功能、提高青贮品质、提高畜禽生产性能、降低畜产品贮藏对肉品风味的影响等方面已取得较好效果，广泛应用于食品、医药、轻工业和畜牧业等领域。