1、当目的基因的序列已知时：用化学方法合成目的基因，或用聚合酶链式反应（PCR）扩增目的基因。
将含有某种生物的许多DNA片段，导入受体菌的群体中储存。各个受体菌分别含有这种生物不同的基因，称为基因文库。当需要某一片段时，根据目的基因的有关信息来获取目的基因。如根据基因的核苷酸序列、基因的功能、基因在染色体上的位置、基因的转录产物mRNA，以及基因的表达产物蛋白质等特性来获取目的基因。
2、当目的基因序列未知时：建立一个包括目的基因在内的基因文库，从基因文库中提取目的基因。
3、用PCR技术扩增技术提取。已知目的基因引物的序列，将整个DNA放入合成仪。只有引物中间的目的基因被大量扩增，即被提取出来。